14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机...

所有武斗家最为关注的最高级别的格斗盛典“奥林匹亚武斗大会”将在天空竞技场拉开序幕，小杰（潘惠美 配音）和奇犽（伊濑茉莉也 配音）兴奋非常，坐在看台上准备为好友智喜加油鼓劲。谁知就在此时，一群神秘之人突然窜入会场，封闭大楼。炼狱（山本美月 配音）绑架了猎人协会的会长尼特罗（永井一郎 配音），饿鬼压倒性地击败智喜，修罗（天野博之 配音）则控制住天空竞技场的所有通讯设备。在他们身后，存在一个当年被猎人协...

新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。...