《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了...

毕业于名门东大，脑中存有过去十年案件细节的神奈川县警搜查一课刑警清家真代（刚力彩芽 饰）受命赶赴一起入室抢劫杀人案现场，并在此结识了专查政治黑金与内幕的搜查二课警部补黑河内圭太（长濑智也 饰）。黑河内言行粗鲁，邪气逼人。清家奉命与之搭档，同时暗中监视他的行动，结果发现黑河内与许多政客私下交易，俨然一名全无操守的败德警察。可是跟随这名恶警的脚步，以神奈川知事泽渡一成（渡部笃郎 饰）为首的数桩杀人案件...

家住广岛市的浦野丝丝（北川景子 饰）出生在一个售卖海苔紫菜的家庭，她自幼喜欢画画，性格天真烂漫。长大成人后，她嫁给了住在吴市的北条周作（小出惠介 饰），在陌生的城市展开了新的人生。在此期间，她结识了身份卑微的美丽女孩白木铃（优香 饰），两人原本情投意合，可是随着交往的发生她却察觉到好友和丈夫之间不寻常的关系。心思反乱之际，在广岛的初恋情人水原哲（速水重道 饰）也意外出现，北条夫妻的感情开始经历严峻...