故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……...

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。 　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如...

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… 　　“所以说过去的事情我不知道啦！” 　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 　　对于因受...

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤， 　　缅因猫兽再度开始暴走。 　　“不能让你诞生在世上…” 　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙—— 　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。 　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。 　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 　　其...

世界的崩溃开始了。 　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 　　用强大的力量进化成了秩序兽。 　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。 　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序...