当HYDRA的秘密不再是秘密之后，该剧便可以全力在这方面展开剧情了。在第二季中，新任神盾局局长Coulson和他的团队成了「通缉犯」，HYDRA组织仍在追杀他们，而且能够调动的资源已经非常有限，但那不会阻止他们继续「为世界的和平与安全而战」——毕竟已知的和未知......

麦克（文特沃斯?米勒 Wentworth Miller 饰）为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA，这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了暴乱，当地的军队已经完全撤出，剩下这里的犯人自生自灭。这时，林肯（多米尼克?珀塞尔 Dominic Purcell 饰）的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了，他们要求麦克帮助他们完成一项任务，那就是在一周内将在SONA里的澳大利亚人...

华盛顿特区举行的一次博物馆招待会上，一个远古的头像雕塑发出了邪恶力量的召唤，博物馆的一名工作人员着了魔一般拿着利器冲向刚刚进来参观的美国总统，特勤局特工Myka（乔安妮·凯莉 Joanne meiju5.net Kelly 饰）和特工Pete（埃迪·麦克林托克 Eddie McClintock 饰）临危不惧，保护了总统解决了石像危机。两人事故当晚接到了Frederic夫人（希·庞德 CCH Pou...